Theo Cáo trạng của Viện kiểm sát nhân dân thành phố Cần Thơ, Trần Trung Dũng được bổ nhiệm giữ chức vụ Hiệu trưởng Trường trung cấp thể dục thể thao từ tháng 10/2011. Sau khi được bổ nhiệm, Dũng ký hợp đồng lao động và có quyết định phân công Lê Ngọc Linh phụ trách công tác kế toán, đồng thời phân công Nguyễn Lang Thùy có 01 tiền án, đang còn trong thời gian thử thách về tội “Tham ô tài sản”, tội “Lập quỹ trái phép” phụ giúp công việc cho nhân viên kế toán của Trường. Sau đó, tiếp tục phân công Thùy làm thủ quỹ, và bổ nhiệm Thùy giữ chức vụ Phó trưởng phòng Tổ chức, Hành chính Trường TDTT. Dũng ký hợp đồng lao động và phân công Huỳnh  Hữu Hậu làm nhiệm vụ trông coi điện, nước của trường TDTT.

Trong thời gian giữ chức vụ Hiệu trưởng, vì tư lợi cá nhân nên từ năm 2011 đến năm 2013 Dũng đã chỉ đạo cho Thùy lập chứng từ kế toán khống về việc mua sắm, sửa chữa cơ sở vật chất của Trường để chiếm đoạt tiền từ dự toán ngân sách Nhà nước cấp cho Trường. Thùy đồng ý thực hiện và kêu Huỳnh Hữu Hậu là thợ điện của Trường mua hóa đơn giá trị gia tăng, hóa đơn bán hàng để Thùy lập 09 bộ chứng từ kế toán khống lấy tiền đưa cho Dũng, Hậu đã đi tìm mua các hóa đơn về cho Thùy để Thùy hoàn thành hồ sơ khống chuyển đến Kho bạc Nhà nước Cần Thơ để thanh toán và chiếm đoạt từ Ngân sách Nhà nước, số tiền 194.665.950 đồng. Ngoài ra, bị cáo Dũng còn chiếm đoạt tiền thu sự nghiệp của Trường TDTT số tiền 50.000.000 đồng để sử dụng cá nhân.

Ngoài ra, cũng trong thời gian này, Dũng thực hiện không đúng các quy định, quy chế về quản lý nhân sự, quản lý tài chính kế toán, không chỉ đạo, thiếu kiểm tra công tác tài chính dẫn đến bị mất cân đối, thất thoát nguồn thu sự nghiệp, với số tiền 1.828.735.838 đồng mà không rõ nguyên nhân, kế toán Linh mặc dù phụ trách kế toán của Trường nhưng không thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ theo quy định của pháp luật về công tác kế toán, không kiểm tra, không hạch toán kịp thời, đầy đủ các nghiệp vụ kế toán phát sinh, không báo cáo những sai phạm của Dũng mà thực hiện các mệnh lệnh, quyết định sai trái, dẫn đến gây thất thoát số tiền 1.828.735.838 đồng.

Tại phiên tòa, bị cáo Dũng và luật sư bào chữa cho bị cáo cho rằng bị cáo không phạm tội tham ô tài sản vì không có chỉ đạo bị can Thùy lập khống chứng từ để rút tiền từ ngân sách Nhà nước. Tuy nhiên, Kiểm sát viên thực hành quyền công tố tại phiên tòa đã đưa ra những chứng cứ chứng minh hành vi phạm tội của bị cáo và vận dụng Nghị quyết 144/2016/QH13 ngày 29 tháng 6 năm 2016 của Quốc Hội về những quy định có lợi cho người phạm tội, được Hội đồng xét xử chấp nhận. Hội đồng xét xử đã tuyên phạt Trần Trung Dũng 4 năm tù về tội Tham ô tài sản, 8 năm tù về tội Thiếu trách nhiệm gây thiệt hại tài sản của Nhà nước, tổng hợp hình phạt là 12 năm tù, Huỳnh Hữu Hậu 2 năm tù về tội Tham ô tài sản, Lê Ngọc Linh 2 năm tù nhưng cho hưởng án treo với thời gian thử thách là 4 năm về tội Thiếu trách nhiệm gây thiệt hại tài sản của Nhà nước.