Trường hợp một người bị kết án đã chấp hành xong hình phạt chính từ lâu, không phạm tội mới trong thời hạn quy định tại khoản 2 Điều 64 Bộ luật hình sự nhưng chưa chấp hành xong hình phạt bổ sung hoặc các quyết định khác trong bản án (án phí hình sự, bồi thường thiệt hại v.v…), căn cứ theo quy định tại Điều 67 Bộ luật hình sự và hướng dẫn tại Nghị quyết số 01/2000/NQ-HĐTP thì người bị kết án chưa đủ điều kiện để được xem xét xóa án tích.
Về nguyên nhân dẫn đến việc người bị kết án chưa chấp hành xong hình phạt bổ sung và những quyết định khác trong bản án có thể do chủ quan là chính người bị kết án biết bản thân mình còn phải chấp hành hình phạt bổ sung và những quyết định khác trong bản án nhưng cố tình không chấp hành, trường hợp này đương nhiên không thể xem xét xóa án tích cho họ.
Tuy nhiên, trường hợp người bị kết án theo bản án có hiệu lực pháp luật, họ đã chấp hành xong hình phạt chính nhưng còn về án phí hình sự họ chưa chấp hành do không được cơ quan có thẩm quyền yêu cầu thi hành. Hiện nay theo quy định tại Điều 36 Luật Thi hành án dân sự, Thủ trưởng Cơ quan thi hành án dân sự có thẩm quyền chủ động ra quyết định thi hành án. Tuy nhiên, do Cơ quan thi hành án dân sự không nhận được bản án có hiệu lực pháp luật từ Tòa án dẫn đến việc không ra quyết định thi hành án chủ động, hoặc Cơ quan thi hành án dân sự có ra Quyết định thi hành án chủ động nhưng không tống đạt đầy đủ các thủ tục đối với người bị kết án nên người bị kết án không biết và không nộp án phí hình sự. Bên cạnh đó cũng có trường hợp người bị kết án tự đến Cơ quan thi hành án dân sự để nộp án phí, cán bộ thuộc Cơ quan thi hành án đứng ra thu án phí hình sự nhưng không ra biên lai cho người bị kết án hoặc có ra biên lai nhưng không hạch toán vào sổ thu nộp tiền dẫn đến khi xác minh thì không có thể hiện việc người chấp hành đã nộp án phí. Ngoài ra có người bị kết án phạt tù khi đi chấp hành án phạt tù thì lại thực hiện việc nộp án phí cho trại giam, trại tạm giam nơi mình chấp hành án theo Điều 128 Luật Thi hành án dân sự nhưng không lưu giữ lại biên lai nộp án phí, phía Trại giam, trại tạm giam không chuyển tiền án phí đã thu nộp cho cơ quan thi hành án dân sự xử lý theo quy định. Vậy đối với những trường hợp vừa phân tích thì có xem xét là họ đã thực hiện nộp án phí hay chưa?
Vấn đề vừa nêu trên cho thấy việc người bị kết án không chấp hành việc nộp án phí có lỗi từ chính phía cơ quan tố tụng. Điều này trước hết đã vi phạm quy định về thu và nộp án phí tại luật thi hành án dân sự và hơn nữa đã ảnh hưởng lớn đến quyền, lợi ích của người bị kết án. Do căn cứ theo quy định của 67 Bộ luật hình sự và hướng dẫn từ Nghị quyết 01/2000/NQ-HĐTP thì do không thể hiện việc người bị kết án đã nộp án phí nên không có cơ sở để xóa án tích cho họ.
Hiện nay, để kiểm tra một người đã thực hiện việc nộp án phí hay chưa thì trong quá trình điều tra Cơ quan điều tra phải tiến hành công tác đi tra cứu, xác minh tại Cơ quan thi hành án dân sự, Trại giam nơi họ từng chấp hành án để có thông tin chính xác. Tuy nhiên vẫn gặp những khó khăn về công tác trích lục, xác minh kết quả thi hành án trong đó có thi hành nộp án phí hình sự. Đôi khi, việc tra cứu không mang lại kết quả hoặc kết quả giữa các cơ quan lại mâu thuẫn với nhau.
Do các quy định hiện hành chỉ dừng lại ở việc quy định chung việc chấp hành xong bản án hình sự trong đó có việc bắt buộc phải nộp án phí thì mới được xóa án tích. Từ thực tiễn hiện nay đang gặp rất nhiều khó khăn trong việc xác định người bị kết án đã nộp án phí hay chưa, thiết nghĩ ngoài việc tiến hành tra cứu, trích lục một cách cẩn thận, đầy đủ thì rất cần có văn bản hướng dẫn cụ thể hơn nữa, bảo đảm được quyền lợi của người bị kết án và có cơ sở để xem xét xóa án tích cho họ được phù hợp và chính xác.