Thẩm phán được phân công thụ lý vụ án có trách nhiệm xem xét toàn diện, khách quan để ban hành một trong các quyết định tố tụng như: đình chỉ giải quyết vụ án, tạm đình chỉ giải quyết vụ án hoặc tiếp tục giải quyết vụ án theo các thủ tục được pháp luật tố tụng dân sự quy định. Khi nào Tòa án ban hành một trong các quyết định đó, thì các đương sự mới có quyền kháng cáo, Viện kiểm sát có quyền kháng nghị đối với quyết định tố tụng này và Tòa án cấp trên sẽ xem xét theo thủ tục tố tụng chứ không phải theo thủ tục giải quyết khiếu nại.

Mặt khác, việc giải quyết khiếu nại, tố cáo trong tố tụng dân sự tại khoản 2  Điều 499 Chương XLI quy định: “...Đối với bản án, quyết định sơ thẩm, phúc thẩm, giám đốc thẩm, tái thẩm của Tòa án nếu có kháng cáo, kháng nghị và các quyết định tố tụng khác do người tiến hành tố tụng dân sự ban hành nếu có khiếu nại, kiến nghị thì không giải quyết theo quy định của chương này mà được giải quyết theo quy định của các chương tương ứng của bộ luật này”. Như vậy, khiếu nại của bị đơn đối với thông báo thụ lý vụ kiện sẽ không được giải quyết theo quy định của Chương XLI về khiếu nại, tố cáo.

Tại khoản 1 Điều 499 Bộ luật tố tụng dân sự, quy định “đối tượng bị khiếu nại là quyết định, hành vi trong tố tụng dân sự của cơ quan, người tiến hành tố tụng dân sự”. Thông báo thụ lý vụ án có thể là văn bản tố tụng nên có thể xác định đây không phải là hành vi tố tụng. Vấn đề là hiện nay chưa có quy định nào xác định thông báo thụ lý vụ án có phải là quyết định tố tụng hay không. Nếu xác định đây là một quyết định tố tụng thì nó thuộc phạm vi điều chỉnh của khoản 1 hay khoản 2 Điều 499 Bộ luật tố tụng dân sự.

Bởi vì, nếu thông báo thụ lý là quyết định tố tụng thì Tòa án phải giải quyết khiếu nại theo khoản 1 Điều 499, còn đối với khoản 2 Điều 499 thì Tòa án không giải quyết khiếu nại mà có thể giải quyết bằng thủ tục tố tụng cụ thể như xử phúc thẩm xem xét kháng cáo của đương sự.