Về cơ bản, hai chế định có sự giống nhau ở một số điểm sau: Không cách ly người phạm tội và người bị kết án ra khỏi đời sống xã hội mà tạo điều kiện cho họ nhanh chóng tái hòa nhập cộng đồng, trở thành người có ích cho xã hội; Chỉ áp dụng khi đáp ứng đủ các điều kiện luật định; Không phải chịu hậu quả pháp lý bất lợi của việc phạm tội hoặc của việc quyết định hình phạt và án tích.
Tuy nhiên, giữa miễn trách nhiệm hình sự và miễn hình phạt có rất nhiều điểm khác nhau. Trong quá trình áp dụng thực tiễn cần nghiên cứu kỹ lưỡng để tránh sự nhầm lẫn. Một số điểm khác nhau cơ bản đó là về khái niệm, đối tượng, điều kiện áp dụng, thẩm quyền quyết định, hậu quả pháp lý.
Theo đó, miễn trách nhiệm hình sự là việc không bắt buộc người phạm tội phải chịu trách nhiệm hình sự về tội mà họ đã thực hiện, còn miễn hình phạt thì không buộc người bị kết án phải chịu hình phạt về tội họ đã thực hiện.
Đối tượng của miễn trách nhiệm hình sự có thể là người đã bị kết án hoặc chưa bị kết án. Đối tượng của miễn hình phạt là người đã bị kết án bằng một bản án có hiệu lực pháp luật.
Người phạm tội được miễn trách nhiệm hình sự khi có một trong những căn cứ, điều kiện sau đây: Khi tiến hành điều tra, truy tố hoặc xét xử, do có sự thay đổi chính sách, pháp luật làm cho hành vi phạm tội không còn nguy hiểm cho xã hội nữa; Khi có quyết định đại xá. Ngoài ra, người phạm tội có thể được miễn trách nhiệm hình sự khi có một trong các căn cứ sau: Khi tiến hành điều tra, truy tố, xét xử do chuyển biến của tình hình mà người phạm tội không còn nguy hiểm cho xã hội nữa; Khi tiến hành điều tra, truy tố, xét xử, người phạm tội mắc bệnh hiểm nghèo dẫn đến không còn khả năng gây nguy hiểm cho xã hội nữa; Người phạm tội tự thú, khai rõ sự việc, góp phần có hiệu quả vào việc phát hiện và điều tra tội phạm, cố gắng hạn chế đến mức thấp nhất hậu quả của tội phạm và lập công lớn hoặc có cống hiến đặc biệt, được Nhà nước và xã hội thừa nhận. Người thực hiện tội phạm ít nghiêm trọng hoặc tội phạm nghiêm trọng do vô ý gây thiệt hại về tính mạng, sức khỏe, danh dự, nhân phẩm hoặc tài sản của người khác và được người bị hại hoặc người đại diện của người bị hại tự nguyện hòa giải và đề nghị miễn trách nhiệm hình sự, thì có thể được miễn trách nhiệm hình sự.
Người phạm tội được miễn hình phạt khi có nhiều tình tiết giảm nhẹ quy định tại khoản 1, 2 Điều 54 Bộ luật Hình sự năm 2015, đáng được khoan hồng đặc biệt nhưng chưa đến mức được miễn trách nhiệm hình sự. Cụ thể: Tòa án có thể quyết định một hình phạt dưới mức thấp nhất của khung hình phạt được áp dụng nhưng phải trong khung hình phạt liền kề nhẹ hơn của điều luật khi người phạm tội có ít nhất hai tình tiết giảm nhẹ quy định tại khoản 1 Điều 51 của Bộ luật này; Tòa án có thể quyết định một hình phạt dưới mức thấp nhất của khung hình phạt được áp dụng nhưng không bắt buộc phải trong khung hình phạt liền kề nhẹ hơn của điều luật đối với người phạm tội lần đầu là người giúp sức trong vụ án đồng phạm nhưng có vai trò không đáng kể.
Thẩm quyền áp dụng đối với miễn trách nhiệm hình sự là Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát, Tòa án, còn miễn hình phạt thì chỉ có Tòa án.
Sau khi được miễn trách nhiệm hình sự, người phạm tội được xem là không có án tích. Đối với miễn hình phạt, người bị kết án vẫn được xem là có án tích nhưng thuộc trường hợp đương nhiên được xóa án tích
