Cụ thể Khoản 5 Điều 88 Bộ luật Tố tụng Hình sự 2015 quy định: "Trong thời hạn 05 ngày kể từ ngày lập biên bản về hoạt động điều tra, thu thập, nhận được tài liệu liên quan đến vụ án mà Kiểm sát viên không trực tiếp kiểm sát theo quy định của Bộ luật này thì Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra có trách nhiệm chuyển biên bản, tài liệu này cho Viện kiểm sát để kiểm sát việc lập hồ sơ vụ án. Trường hợp do trở ngại khách quan thì thời hạn này có thể kéo dài nhưng không được quá 15 ngày. Trong thời hạn 03 ngày, Viện kiểm sát đóng dấu bút lục và sao lưu biên bản, tài liệu lưu hồ sơ kiểm sát và bàn giao nguyên trạng tài liệu, biên bản đó cho Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra. Việc giao nhận tài liệu, biên bản được lập biên bản theo quy định tại Điều 133 của Bộ luật này".
Qua thực tiễn áp dụng quy định trên nhận thấy còn một số quan điểm khác nhau, cụ thể như sau:
Thứ nhất, quy định về việc gửi các biên bản về hoạt động điều tra, thu thập, nhận được tài liệu liên quan đến vụ án mà Kiểm sát viên không trực tiếp kiểm sát theo quy định của Bộ luật tố tụng hình sự. Tuy nhiên luật không quy định cụ thể những tài liệu nào Cơ quan điều tra phải gửi cho Viện kiểm sát, tất cả các tài liệu liên quan đến hoạt động điều tra hay chỉ một số tài liệu. Vì theo quy định của Bộ luật tố tụng hình sự thì có 07 trường hợp Kiểm sát viên phải trực tiếp tham gia kiểm sát, đó là: Đối chất (Điều 189); Nhận dạng (Điều 190); Nhận biết giọng nói (Điều 191); Các trường hợp khám xét người, chỗ ở, nơi làm việc, địa điểm, phương tiện, tài liệu, đồ vật, thư tín, điện tín, bưu kiện, bưu phẩm, dữ liệu điện tử (Điều 192, 193); Khám nghiệm hiện trường (Điều 201); Khám nghiệm tử thi (Điều 202) và Thực nghiệm điều tra (Điều 204). Trong 07 trường hợp trên thì có 02 trường hợp bắt buộc Kiểm sát viên phải tham gia là khám nghiệm hiện trường và khám nghiệm tử thi. Còn các trường hợp khác nếu Kiểm sát viên không trực tiếp tham gia thì phải thông báo cho Cơ quan điều tra biết và phải ghi rõ lý do vào biên bản của hoạt động điều tra đó. Khi đó biên bản đó vẫn có giá trị pháp lý chứng minh. Theo quy định như trên, cũng có thể hiểu chỉ khi nào Cơ quan điều tra tiến hành các hoạt động điều tra trên mà Kiểm sát viên không tham gia thì Cơ quan điều tra mới phải gửi các biên bản về hoạt động điều tra đó cho Viện kiểm sát để tiến hành kiểm sát và đóng dấu bút lục vào các biên bản đó. Ngoài các trường hợp trên thì Cơ quan điều tra không phải gửi cho Viện kiểm sát để kiểm sát và đóng dấu bút lục. Quy định này vẫn còn nhiều cách hiểu khác nhau.
Thứ hai, về việc đóng bút lục chứng cứ được thực hiện từ giai đoạn nào, từ giai đoạn giải quyết tin báo, tố giác tội phạm, kiến nghị khởi tố hay từ khi có quyết định khởi tố vụ án. Bởi quy định như trên còn có cách hiểu khác nhau, theo quy định thì Cơ quan điều tra phải gửi các tài liệu có liên quan đến vụ án…mà nói đến vụ án có nghĩa là đã có quyết định khởi tố vụ án hình sự. Vậy việc đóng dấu bút lục chứng cứ chỉ được thực hiện khi đã có quyết định khởi tố vụ án căn cứ vào câu chữ quy định của luật. Tuy nhiên, theo quy định thì giai đoạn giải quyết tin báo, tố giác tội phạm, kiến nghị khởi tố cũng là một giai đoạn điều tra và các tài liệu chứng cứ thu thập được trong giai đoạn này cũng được xem là chứng cứ để giải quyết vụ án về sau. Do đó, việc thực hiện đóng bút lục chứng cứ ngay từ giai đoạn này để đảm bảo cho quá trình giải quyết về sau là hoàn toàn phù hợp.
Thứ ba, về vị trí đóng dấu bút lục chứng cứ của Viện kiểm sát. Về vấn đề này không có quy định cụ thể nên việc thực hiện còn tùy nghi.
Thứ tư, về việc đánh số bút lục chứng cứ được thực hiện như thế nào, đánh số liên tục hay đánh lại từ đầu với mỗi lần giao nhận. Bởi trong quá trình điều tra vụ án, Cơ quan điều tra sẽ tiến hành rất nhiều các hoạt động điều tra, ở các giai đoạn, thời điểm khác nhau. Do đó sẽ có rất nhiều lần Cơ quan điều tra chuyển các tài liệu, chứng cứ có liên quan đến vụ án cho Viện kiểm sát để tiến hành kiểm sát. Vấn đề này cũng chưa có hướng dẫn cụ thể.
Đây là một quy định hoàn toàn mới, lần đầu tiên được đưa vào luật nhằm đáp ứng yêu cầu cải cách tư pháp, nâng cao hiệu quả hoạt động của các cơ quan tư pháp và thực hiện chủ trương của Ngành kiểm sát là “Tăng cường trách nhiệm công tố trong hoạt động điều tra, gắn công tố với hoạt động điều tra”, khẳng định vai trò, vị trí của Viện kiểm sát trong hệ thống tư pháp Việt Nam. Và để có được quy định tại Khoản 5 Điều 88 thì Ngành chúng ta đã phải đấu tranh rất nhiều. Nhưng với việc đây là một quy định hoàn toàn mới, do đó cách hiểu, vận dụng còn khác nhau, còn mang tính tùy nghi ở từng đơn vị. Thiết nghĩ liên ngành Tư pháp Trung ương cần có hướng dẫn cụ thể về việc thực hiện quy định tại Khoản 5 Điều 88 Bộ luật Tố tụng hình sự. Một mặt nhằm đảm bảo tính thống nhất trong thực hiện quy định của pháp luật, mặt khác thể hiện được tính thống nhất của pháp luật.
